 موادی که برای انجام رادیوگرافی خورده می شوند مانند باریم و روغن های معدنی ، ملین ها ، آنتی اسیدها،بیسموت و برخی آنتی بیوتیک ها مانند تتراسایکلین ،حداقل از یک هفته قبل از نمونه گیری مصرف نشده باشد.در مواردی که اندازه گیری کمی یا کیفی چربی در مدفوع مورد درخواست می باشد ، بیمار نباید پیش از جمع آوری نمونه از شیاف استفاده یا مواد روغنی مصرف نماید . حجم نمونه موردنیاز و نکات مهم :  مقدار نمونه لازم برای آزمایش انگل شناسی و میکروب شناسی در مدفوع قوام دار(جامد)حدود 5 گرم(به اندازه یک فندق) و در مدفوع آبکی 5 میلی لیتر است .جهت انجام آزمایش های بیوشیمی به حداقل 50 گرم نمونه نیاز است .  در صورت مشاهده کرم و هر مورد مشکوک در مدفوع به آزمایشگاه اطلاع داده شود .  نمونه مدفوع نباید با ادرار یا آّب آلوده شود زیرا ادرار می تواند برخی از انگلهای فعال را از بین ببرد. شرایط نگهداری نمونه و نحوه انتقال بیماران باید نمونه جمع آوری شده را خصوصا در موارد مشکوک به اسهال خونی بلافاصله به آزمایشگاه ارسال کنند .اگر انجام آزمایش حداکثر تا 30 دقیقه پس از جمع آوری نمونه امکان پذیر نباشد لازم است نمونه تا زمان انتقال به آزمایشگاه در دمای یخچال 2-8 C قرار داده شود . برا ی این آزمایش احتیاج به ناشتا بودن نیست درب ظرف محتوی نمونه باید کاملا بسته باشد. در مواردی که آزمایش در چند نوبت باید انجام شود، به بیمار توصیه گردد و هر نمونه باید بلافاصله پس از تهیه به آزمایشگاه تحویل گردد.در غیر این صورت تا زمان انتقال نمونه به آزمایشگاه در دمای یخچال 2-8 C قرار گیرد . برچسب روی ظرف نمونه بایدتمیزباقی بماندتامشخصات آن خواناباشد.از بخش بلغمی یا خونی مدفوع نیز درون ظرف ریخته شود.در طی یک روز نباید بیشتر از یک نمونه از بیمار جمع آوری نمود . در صورتی که اندازه گیری کمی چربی 72 ساعته مدفوع مورد نظر میباشد ، ظرف جمع آوری نمونه باید از قبل وزن شده باشد . چنانچه بیمار دارو مصرف می کند حتما در مورد داروهای مصرفی خود قبل از نمونه گیری با آزمایشگاه مشورت نماید . ملاحظات ایمنی: چون هر نمونه مدفوع می تواند منبع مهمی جهت انتقال باکتری، ویروس و انگل محسوب شود ، لذا باید به رعایت نکات بهداشتی در هنگام جمع آوری و انتقال آن توجه شود.